Cơ cấu tổ chức của Bệnh viện gồm có Chi bộ Đảng, Ban Giám đốc, các tổ chức đoàn thể Công đoàn, Đoàn thanh niên. Bệnh viện hiện có 04 Phòng chức năng gồm: Phòng Kế hoạch Tổng hợp – Công nghệ thông tin; Phòng Tổ chức Cán bộ – Hành chính quản trị ; Phòng Tài chính – Kế toán và Phòng Điều dưỡng. 09 Khoa gồm: Khoa Nội tổng hợp; Khoa Lão khoa; Khoa Ngoại tổng hợp; Khoa Châm cứu dưỡng sinh; Khoa Phục hồi chức năng; Khoa Khám bệnh đa khoa; Khoa Chẩn đoán hình ảnh – Thăm dò chức năng – Xét nghiệm; Khoa Dược – Vật tư y tế; Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn.
Với nền tảng triết lý âm dương, Ngũ hành, cân bằng hòa hợp; Y học cổ truyền chú trọng đến sự cân bằng của các bộ phận trong cơ thể, sự hòa hợp giữa cơ thể với môi trường thiên nhiên, sự hài hòa giữa con người trong các mối quan hệ xã hội. Các phương pháp chẩn đoán bát cương, tứ chẩn được phối kết hợp với các phương pháp chẩn đoán bằng y học hiện đại như các máy chụp X quang kỹ thuật số, Máy siêu âm màu, Máy Nội soi tiêu hóa, Máy soi tử cung, Nội soi tai mũi họng, máy đo loãng xương…; Hệ thống khám chuyên khoa lẻ như khám răng hàm mặt, khám mắt, khám tai mũi họng…; Trong điều trị, phát huy thế mạnh của y học cổ truyền như châm cứu, cấy chỉ, xoa bóp bấm huyệt, bó thuốc, ngâm thuốc y học cổ truyền… kết hợp với điều trị bằng y học hiện đại, sử dụng thuốc và các thiết bị như Máy kéo dãn cột sống, Máy Từ trường, Máy xung kích, Máy Siêu âm điều trị, Máy Điện xung, Máy Laser nội mạch, Hệ thống tập luyện đa năng, Hệ thống sắc thuốc và đóng gói tự động… Trong nhiều năm qua, Bệnh viện Y học cổ truyền Đắk Lắk đã nâng cao chất lượng điều trị phục vụ bệnh nhân với phương châm “Tận tâm – Trách nhiệm”. Do đó, Bệnh viện đã và đang nhận được sự ưu tiên, chọn lựa của nhiều bệnh nhân trên địa bàn tỉnh Đắk Lắk và các tỉnh lân cận.
